Indesign: linea che divide testo e note

ma la sposti o la ridimensioni ogni volta? è nella pagina mastro?

Suppongo che le tue note non siano sempre dello stesso numero di battute. Quindi è normale che i software tendano a tenere il testo di una nota nella stessa pagina di dove si trova il numerino della nota stessa (nel testo corrente). È proprio da questo aspetto che dipende il problema a cui fai riferimento.

per alan.ford.tnt:
non la modifico io, ne l'ho inserita nella pagina mastro..compare automaticamente con le note a piè di pagina
per Pablito: certo che le note sono contenute nella stessa pagina...il numero delle battute varia da pagina a pagina ma non credo che da esso possa dipendere la lunghezza e grossezza della linea che separa testo e note

come non detto per la prima parte.
prova a controllare sulle opzioni: testo > opzioni note a piè di pagina > layout
ho provato ma a me vengono tutte uguali indipendentemente dalla lunghezza e dal numero delle note.

teoricamente sarebbe da creare uno stile di paragrafo per le note aggiungendo il filetto in alto, da provare!